Mystery Inc.'in faaliyetlerine son vermesinin üzerinden iki yıl geçmiştir. Scooby Doo, dedektif arkadaşları Fred Freddie Prinze Jr., Daphne Sarah Michelle Gellar, Shaggy Matthew Lillard ve Velma Linda Cardellini ile birlikte Spooky Adası'na gönderilir. Görevleri, Spring Break bölgesinde meydana gelen tuhaf olayları araştırmaktır. Spooky Adası'nın sahibi Emile Mondavarious Rowan Atkinson, adanın gerçekten perili olduğuna inandığı için dedektifleri bir araya getirip onlara yardım etmeye karar vermiştir. Scooby ve ekibi, kişisel farklılıklarını bir kenara bırakıp birlikte hareket etmek zorundadırlar. Ancak bu şekilde hem kendilerini hem de dünyayı kötülükten kurtarabilirler.
