Umbrella Şirketi'nin neden olduğu virüs felaketi, gizli sığınakları Raccoon City'ye sıçramıştır. İkinci filmde olaylar daha da genişleyerek tüm şehri virüslü bireylerle doldurur. Kahramanımız Alice Milla Jovovich, Umbrella'nın gerçekleştirdiği deneyler sonucunda insanüstü yeteneklere sahip olmuştur. Alice'in yanında, virüsten etkilenmeyen bir grup insan da onunla birlikte savaşmaya karar verir. Bu grubun içinde, Umbrella'nın özel ekibi S.T.A.R.S'ın Special Tactics and Rescue Service bir üyesi olan Jill Valentine Sienna Guillory ve ekibin lideri Carlos Oliveira Oded Fehr gibi yetenekli bireyler de yer almaktadır. Bu ekip, bir yandan şehri saran virüslü yaratıklarla mücadele ederken, diğer yandan Umbrella'nın yarattığı ikinci tehdit olan Nemesis'le Matthew G. Taylor yüzleşmek zorunda kalır.
Bu cehennemden kurtulmanın tek yolu, Umbrella'ya bağlı bilim insanı Doktor Ashford'a Jared Harris güvenmek ve onun kızını Sophie Vavasseur sağ salim ulaştırmaktır. Alice ve ekibi, bu zorlu mücadelede hem hayatta kalmak hem de insanlığı kurtarmak için ellerinden geleni yapacaklardır.
