Uzun yıllar boyunca insanların dünyasından uzak kalarak yaşamlarını sürdüren Kaplumbağa kardeşler, insanlarla bir arada olmanın ve onların sevgisini kazanmanın hayalini taşımaktadırlar. Bir gün cesur bir karar alarak, normal gençler gibi kabul edilmek ve New Yorkluların kalbini kazanmak amacıyla evlerini terk ederler. Ancak bu yolculuk, beklediklerinden çok daha karmaşık ve dolu dolu bir macera haline gelecektir.
Yeni arkadaşları April O'Neil, Kaplumbağa kardeşlere, gizemli bir suç örgütünün sinsi planlarını boşa çıkarmada yardımcı olur. Bu örgüt, şehri kaosa sürüklemeyi ve halkı korku içinde yaşamaya mahkum etmeyi hedeflemektedir. Kaplumbağa kardeşler ve April, bu tehlikeli örgütü durdurmak için birlikte hareket etmeye karar verirler.
Ancak işler, beklenenden çok daha hızlı bir şekilde gelişir ve kısa süre içinde Kaplumbağa kardeşlerin üzerine bir mutant ordusu gönderilir. Bu durum karşısında ne yapacaklarını bilemeyen kardeşler, başlarına gelenlerin ciddiyetini kavramaya başlarlar. Fakat asla pes etmeyi düşünmezler. Üstlendikleri işin büyüklüğünün farkında olan Kaplumbağa kardeşler, bu zorlu mücadeleyi aşmak için bir araya gelirler. Kendi hayatlarını tehlikeye atarak, sevdikleri şehri ve insanları korumak için her türlü tehditle yüzleşmeye kararlıdırlar. Yeni bir yaşam kurma ve insanlar arasında kabul görme çabaları, onları gerçek kahramanlar haline getirecektir.
