Başıbozukluk ve bir dizi tuhaf olay, New York City sokaklarını tehlikeli bir hale getirmiştir. Şehrin Ninja Kaplumbağalar'a her zamankinden daha fazla ihtiyacı var, ancak Kaplumbağalar'ın durumu da şehrin kaosundan farksız. Raphael, Donatello ve Michelangelo kaybolmuş durumda ve onlarla ilgili hiçbir bilgi yok. Arkadaşlarını bulup şehrin düzenini sağlamak ve geçmişteki birlikteliklerini yeniden inşa etmek, artık yalnızca Leonardo ve Efendi Splinter'a kalmıştır. Uzun bir aradan sonra beyazperdede yeniden boy gösteren Ninja Kaplumbağalar, bu sefer önceki filmlerden farklı olarak tamamen animasyon teknikleriyle hayata geçirilmiştir.
