Pizzasever kaplumbağalar, bu sefer 17. yüzyıla uzanan bir maceraya atılıyorlar. Çizgi roman sayfalarından sinema perdesine taşınan dört dost kaplumbağa; Leonardo, Donatello, Raphael ve Michelangelo, zamanda yolculuk yaparak farklı bir döneme adım atıyorlar. Bu yolculuk sırasında, 17. yüzyıl Japonya’sında yaşayan dört samuray da günümüze geliyor. Kaplumbağalar, feodal Japonya’nın karmaşasında iki hanedan arasındaki iktidar mücadelesine dahil oluyorlar ve elbette ki iyilerin yanında yer almayı seçiyorlar.