Kobra'nın dünya üzerindeki hakimiyetini engelleyen G.I. Joe ekibi, Nanomit'i etkisiz hale getirdikten sonra, Kobra Komutanı ve Destro, kaçmanın imkansız olduğu bir yeraltı hapishanesine hapsedilmiştir. Dünyanın güvende olduğunu düşünen Joe ekibi, bir gün Pakistan liderinin suikaste uğramasıyla birlikte ABD başkanı tarafından yeniden göreve çağrılır. Görevi başarıyla tamamlamalarına rağmen, beklenmedik bir saldırıya uğrayan ekip, birçok üyesini kaybetmek zorunda kalmıştır. Şimdi geriye kalan üyeler olan Roadblock, Lady Jaye ve Flint, Beyaz Saray'daki bazı kişilerin kendilerine ihanet ettiğinden şüphelenmektedir. Ancak ekip, tahmin ettiklerinden çok daha büyük bir tehlikeyle yüzleşmek zorundadır.
