Derinden Gelen, hayatının bir dönemine sıkışıp kalmış genç bir hemşirelik öğrencisinin, geçmişin izlerini bugünün sessizliğinde taşıdığı çarpıcı hikâyesini konu alıyor. Palyatif bakım üzerine eğitim alan genç kadın, insanlara son nefeslerinde eşlik ederken kendi içindeki karanlıkla baş etmeye çalışır. Ancak geçmişte yaşadığı bir travma, her adımına, her dokunuşuna ve hatta sessizliğine bile gölge düşürür.
Travma, zamanla yalnızca geceleri değil gündüzleri de ele geçirmeye başlar. İş yerinde dikkati dağılır, ilişkilerinde mesafe oluşur, kendi iç sesi giderek daha da yankılı bir hale gelir. Sevdiklerinin ona ulaşmaya çalıştığı her an, o biraz daha içine kapanır. Yaşadığı duygular, gerçeklikle olan bağını zayıflatır; zaman zaman nerede olduğunu, ne yaptığını bile sorgular hale gelir.
Okulda öğrendiği her şey, teoriden ibaret kalmaya başlar. Çünkü bir başkasına şefkat gösterirken kendine merhamet etmeyi unutmuştur. İçsel savaşı, profesyonel kimliğini aşındırır. Kendisiyle barışmadan, başka birine eşlik etmenin ağırlığını taşıyamaz hale gelir. Her hasta odası, ona geçmişinden bir kırıntı getirir.
Film boyunca izleyici, bu genç kadının iç dünyasında derin bir yolculuğa çıkar. Gerçekle hayal arasındaki çizgiler bulanıklaşırken, geçmişle yüzleşmenin zorluğu da giderek belirginleşir. Derinden Gelen, sessiz bir çöküşün, bastırılmış duyguların ve iyileşmenin sancılı sürecini gözler önüne seriyor.