The Nun filminde yaşanan dehşet verici olayların üzerinden dört yıl geçmiştir. Bu süre zarfında Rahibe Irene, yaşadığı travmanın izlerini silmek ve normal yaşamına yeniden dönmek için çaba sarf ederken, manastırında tuhaf olaylar ve açıklanamayan ölümlerle ilgili söylentiler yayılmaya başlar. Duygusal dalgalanmaları ve sürekli rahatsız edici düşüncelerle boğuşmasına rağmen, Irene bu söylentilerin peşine düşer ve kaçınılmaz bir şekilde, bu olayların üstesinden gelmek için iblisle yeniden karşılaşmak üzere manastıra geri çağrılır.
Bu gizemli olayları araştırmaya daha da derinleştikçe, Rahibe Irene’in gerçeği yavaş yavaş kavradığını gözlemleriz: Daha önce karşılaştığı düşman, Valak, geri dönmüştür. Üstelik bu sefer, daha önce hiç olmadığı kadar güçlü ve korkutucu bir hale gelmiştir. Irene, bu zorlu mücadelede korkularıyla yüzleşmek ve manastırda yeniden huzuru sağlamak için iblisle karşı karşıya gelmeye kararlıdır.
