Gotham'da gizemli bir olay yaşanır ve şehir, gökyüzünden süzülen Yakuza savaşçıları tarafından ansızın kuşatılır. Batman ve Robin, bu kaosun ardındaki gerçeği ortaya çıkarmaya çalışırken, Japonya’nın tamamen yok olduğunu ve yerine Gotham'ın üzerinde asılı duran, geçmişten kopup gelmiş gibi görünen "Hinomoto" adlı bir ada belirdiğini keşfederler. Bu gizemli diyarın sırlarını çözmek için yola çıkan Batman, kendini savaşçı klanların ve acımasız suç lordlarının yönettiği, düzenin tamamen çöktüğü bir dünyada bulur. Ancak en büyük tehdit, bu dünyada Adalet Birliği’nin yozlaşmış ve Yakuza kültürüne uyarlanmış bir versiyonu olan “Yakuza Ligi”nin varlığıdır. Alternatif evrende güçlenen ve Gotham'ı ele geçirmeye hazırlanan bu acımasız düşmanlar karşısında Batman, hem eski müttefikleri hem de beklenmedik yeni dostlarıyla güçlerini birleştirerek, Gotham’ın ve kendi dünyasının geleceğini belirleyecek büyük bir mücadeleye girişir.
