Thunderbolts, alışılmış kahramanlık hikâyelerinden çok uzak bir ekip olan anti-kahramanlar grubunun, ölümcül bir tuzağın ortasında buldukları kendilerini kurtarmak için tehlikeli bir göreve atılmalarını konu alıyor. Zoraki bir birliktelikle bir araya gelen bu sıra dışı karakterler, sadece dış tehditlerle değil, kendi karanlık geçmişleriyle de yüzleşmek zorunda kalıyor. Görev her ne kadar dışarıdan belirli bir hedefe yönelik gibi görünse de, esas savaşın her bir karakterin iç dünyasında verildiği kısa sürede ortaya çıkıyor.
Her biri toplumun ya da sistemin dışına itilmiş, geçmişte işledikleri hatalarla özdeşleşmiş bu isimler, şimdi kendilerine biçilen yeni bir rolle yüzleşiyor. Ama bu rol, onlara kurtuluş mu getirecek yoksa yeniden çöküşlerinin habercisi mi olacak, bu henüz belli değil. Takım olmanın ne anlama geldiğini çözümlerken, güven, ihanet ve fedakârlık gibi kavramlar da tek tek sınanıyor.
Görev ilerledikçe, bu kırık dökük kahramanlar arasında hem bağlar kuruluyor hem de çözülüyor.