Alec Mason'ın Mars kolonilerine özgürlüğü kazandırmasının üzerinden çeyrek yüzyıl geçmişken, düşmanları tarafından karısının öldürülmesi ve kızı Lyra'nın kaçırılması üzerinden de 12 yıl geçmiştir. Alec'in hayatta kalan oğlu Jake Mason, Red Faction milisleriyle birlikte tünellerde araştırma yaparken, kaybolan kız kardeşinin hala hayatta olduğunu öğrenir. Ancak, güçlü bir düşman tüm gezegeni tehdit ederken Jake, kız kardeşinin düşman tarafına geçtiğini ve Red Faction ordusunu yok etme planları yaptığını keşfeder.
Jake, hem bu savaşla başa çıkmak zorundadır hem de ailesini yeniden bir araya getirme çabasına girişmelidir. Alec Mason'ın oğlu Jake'in, kaçırılan kız kardeşini bulma çabası ve annesinin intikamını alma isteği, Red Faction Origins oyunundan esinlenerek oluşturulmuş bir filmde anlatılmaktadır.
