Eski efsanevi suikastçı Kenshin Himura Takeru Sato, artık bir gezgin samuray olarak hayatına devam etmektedir. Geçmişteki eylemlerinin bedelini ödemek amacıyla, ihtiyaç duyanlara yardım etmeyi kendine görev edinmiştir. Bu süreçte, Kenshin'e Kaoru Kamiya Emi Takei eşlik etmektedir. Ancak Kenshin'in geçmişteki şiddet dolu anıları, peşini bırakmamaktadır.