Madoka, gelişen bir hastalık nedeniyle tüm umudunu yitirmiş ve hastanede günlerini geçirmek zorunda kalmıştır. Bu süreçte, Madoka'nın hayatında hiç yer almayan babası, hissettiği derin suçluluk duygusuyla kızının yeniden gülümsemesi için bir çözüm arayışına girmiştir. Bu amaçla, Görsel Gerçeklik adında bir oyun geliştirmiş ve kızının sanal dünyada bile olsa mutlu olmasını sağlamaya çalışmıştır. Ancak, bu yeni oyun beklenmedik bir şekilde Tokyo'da insanların hastalanmasına ve komaya girmesine yol açan bir salgın hastalığın ortaya çıkmasına neden olmuştur. Bunun üzerine, daha önce Kamen Rider Cronus'u alt eden Emu Hojo ve Doktor Riders, bu ölümcül hastalıkla mücadele etmek için VR Oyun Dünyası'na geri dönerek heyecan dolu bir maceraya atılmışlardır.
