12 Yıllık Esaret, özgür bir siyahi adam olan Solomon Northup'un trajik hikayesini anlatıyor. 1841'de New York'ta yaşayan Solomon, başarılı bir kemancı olarak ailesiyle mutlu bir hayat sürmektedir. Ancak bir gün, iki adamın iş teklifine kanarak Washington'a gider ve burada kaçırılarak köle olarak satılır. Özgürlüğü elinden alınan Solomon, ismini bile kaybederek yeni efendisi tarafından Louisiana'daki bir plantasyona gönderilir.
Orada yaşadığı fiziksel ve psikolojik işkencelerle birlikte hayatta kalmak için mücadele eder. Yıllar geçtikçe Solomon, umudunu yitirmemek için içsel bir güç bulur ve kaçış planları yapmaya başlar. Farklı sahipler tarafından defalarca satılan Solomon, şiddet ve aşağılamalara rağmen ailesine kavuşma umudunu asla bırakmaz.
Zorlu çalışma koşulları, acımasız sahipler ve etrafındaki diğer kölelerin hikayeleri arasında hayatta kalmaya çalışan Solomon, kendi kimliğini korumak için içsel bir direnç gösterir. Zamanla, doğru insanlarla tanışarak özgürlüğüne kavuşmanın yollarını arar. Özellikle tanıştığı bir marangoz, onun özgürlük mücadelesinde kilit rol oynar.
Bu süreçte dostluklar kurar, düşmanlar edinir ve her geçen gün ailesine kavuşma umuduyla yaşar. Sonunda Solomon, gerçek kimliğini ortaya koyabilecek bir fırsat bulur ve yardımsever bir adamın desteğiyle özgürlüğünü geri kazanır. Solomon'un yıllar sonra ailesine kavuşması, kaybettiği 12 yılın acısını hafifletmeye yetmese de yeniden özgür bir insan olmanın değerini anlamasını sağlar.